1. 白色點狀疤痕
FUE是微創沒錯，可是不是無疤無痕。
在頭皮表層只挖個1mm左右的小洞，癒合當然很快，3~5天就差不多傷口長好。
仔細看這些挖過洞，癒合的地方還是會有白色斑點，頭髮長蓋住當然看不出來，可是當頭髮剃短到大約是1mm到3mm左右的長度時便不難發現這些小斑點。
因此習慣頭髮剃很短的型男們想做FUE植髮前還是要先想清楚自己的髮型是否會露餡。
2. 拿到非永久髮來移植。
FUE不能像FUT皮瓣術集中在一個地方取頭皮，因為它傷口小不縫合，讓傷口自然癒合後，形成上述的小白點，如果集中部位取髮，反而更容易被看出疤痕。
FUE手術的重點就是要分散取毛囊，變成就要從大面積的後頭部的頭皮上來拿到所需的毛囊。這樣就有可能會拿到離開傳統FUT安全範圍的毛囊。
如果用FUE取得的是非永久髮，再做植入之後也沒有使用口服外用藥物控制雄性禿的發生，當然假以時日，這些毛囊還是很有機會脫落。
反過來想，如果很年輕的時後想植髮，只想要年輕時有頭髮，又不想一直補強，搞不好也可以嘗試用FUE故意取非永久髮，讓他們隨著時間自然脫落。可是這很難去預測，不過可以藉由詢問病患的家族史來了解病患將來可能掉髮的傾向來略知一二。
所以才會有像John Cole 這些大師級的植髮醫師說，即便植入的非永久髮，等到年紀大了，上面少的時候，後面也少，不是也很自然嗎？
3. 取髮處出現斑駁狀禿髮
這種狀況通常發生在過度取毛囊的狀況，如果在同一個地方重複取髮太多次了，可能就容易造成密度大幅下降，結果就會發生頭髮一塊塊頭髮蓋不住頭皮的斑駁窘況。
紐約康乃爾大學皮膚科臨床教授，專攻植髮的Dr.Marc Avram 就曾經撰寫臨床論文來提醒醫師用FUE取毛囊要小心，別一時興起取毛囊取過頭，忘了節制，反而讓原本茂密的後腦勺也開始稀疏。
不過個人的經驗認為頭一次FUE手術除非是極大量取毛囊，很難造成這樣的結果，因為FUE很花時間， 一天如果要取出2000株的毛囊 而且又是手工加上植入毛囊的時間，恐怕很容易就會超出體能負荷的極限。
如果是機器人或許輕鬆許多，醫師可能不知不覺多取一點，有些醫師為了防止這樣的事情發生，會斟酌病患頭髮的密度來調整機器人取毛囊的距離。
4. 取髮處發生囊腫或皮膚壞死：非常罕見
這應該是太密集取毛囊時可能發生的併發症。基本上頭皮血管豐沛不太發生這樣的事情，一旦如果病患抽煙，糖尿病，傷口癒合差的狀況甚至壞死就有可能會發生。就像頭頂扎洞植入時，也有可能因為扎得太密集，周圍血行被破壞太厲害，中間的頭皮就容易出狀況，不過這樣的狀況極少見，但是如果是抽煙跟糖尿病或其他血液循環有可能變差的病人就要特別注意。
畢竟密集挖掉太多正常組織，只剩部分的血行循環，如果再加上患者本身血液循環不良，恐怕會有原有的皮膚組織壞死的問題發生。
這聽起來可怕，打洞打到頭皮爛掉，變成疤痕，可是事實上非常罕見，只是患者本身如果是抽煙，或是血管疾病，醫師就得多斟酌取毛囊的密度。
至於粉瘤之類的囊腫，大多數起因於扎洞時切入表皮的動作，不僅是植髮手術，所有手術的都得經過皮膚才能處理下面的器官，只要是手術的傷口都可能會發生粉瘤，只是FUE要在頭皮上鑽上成千上百的小洞，發生機會自然會高一些。不過雖然可能發生，實際臨床上經驗並不常見。
5. 細菌感染 ：極為罕見
頭皮血液循環很好，發生細菌感染機會很少，甚至有論文指出只要確實消毒，一般並不需要使用抗生素預防術後傷口感染。
FUE除了植髮部位以外又另外多製造出許多小洞在頭皮上，理論上少了表皮的保護，也增加許多傷口感染的機會，可是頭皮血液循環太好了抵抗力也好，一般人頭皮手術感染機會可說是微乎其微。
6. 後腦勺暫時性或長時間麻木
有些FUE的病患在術後會覺得在取髮區會有麻麻的感覺，或者觸摸時感覺不靈敏，有點木木的感覺，一般這些現象約在手術後二到六個月就會逐漸消失
更少數的人這樣異樣感覺會持續超過半年甚至更久才恢復正常。
甚至更罕見的是有人侷限一小部分的頭皮感覺始終無法恢復正常。
皮膚原本就是感覺器官，上面佈滿了關於痛覺，觸覺的細微神經，而神經跟皮膚比起來是相對精細的組織，皮膚上的像原子筆頭大小的傷口了不起五到七天就癒合完畢，神經因為分化精細，恢復正常感覺相對要花比較久的時間才能恢復正常。
想想看中風的病人需要長時間的復健才能慢慢恢復到接近正常功能，或者是帶狀皰疹的病人也需要好幾個月甚至好幾年才能脫離或只是略為緩解神經痛的折騰，雖然植髮的麻木感跟上述這兩的例子，簡直是小巫見大巫，不過如果了解神經是個復原緩慢的組織，就比較能接受為何要那麼久才能恢復正常感覺。
皮膚科 陳建勲 